#!/bin/bash WGET_OPTIONS="--no-check-certificate" MRO_VERSION="3.2.4" # update debian repos & upgrade packages apt-get update DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -y -o Dpkg::Options::="--force-confdef" -o Dpkg::Options::="--force-confnew" upgrade # install new packages for R apt-get -y install build-essential gfortran ed htop libxml2-dev ca-certificates curl libcurl4-openssl-dev gdebi-core sshpass git # hack with Microsoft R Open deps wget ${WGET_OPTIONS} http://ftp.pl.debian.org/debian/pool/main/libj/libjpeg8/libjpeg8_8d1-2_amd64.deb gdebi -n libjpeg8_8d1-2_amd64.deb rm libjpeg8_8d1-2_amd64.deb # install Microsoft R Open wget ${WGET_OPTIONS} https://mran.microsoft.com/install/mro/${MRO_VERSION}/MRO-${MRO_VERSION}-Ubuntu-15.4.x86_64.deb gdebi -n MRO-${MRO_VERSION}-Ubuntu-15.4.x86_64.deb rm MRO-${MRO_VERSION}-Ubuntu-15.4.x86_64.deb # make symbolic link to R libraries dir ln -s /usr/lib64/MRO-${MRO_VERSION}/R-${MRO_VERSION}/lib/R/lib/ /opt/MRO-lib # make directory for BLAS and LAPACK libraries mkdir -p /opt/blap-lib/ # Generic BLAS & LAPACK install/uninstall in R: # # install: mv /opt/MRO-lib/libRblas.so /opt/MRO-lib/libRblas.so.orig # mv /opt/MRO-lib/libRlapack.so /opt/MRO-lib/libRlapack.so.orig # ln -s /opt/blap-lib/xxx/libblas.so /opt/MRO-lib/libRblas.so # ln -s /opt/blap-lib/xxx/liblapack.so /opt/MRO-lib/libRlapack.so # # uninstall: rm /opt/MRO-lib/libRblas.so # rm /opt/MRO-lib/libRlapack.so # mv /opt/MRO-lib/libRblas.so.orig /opt/MRO-lib/libRblas.so # mv /opt/MRO-lib/libRlapack.so.orig /opt/MRO-lib/libRlapack.so ############################################################## ############################################################## ## CPU ## ############################################################## ############################################################## ############################################################## # netlib # # - http://www.netlib.org/ # # - BLAS + LAPACK # # - single-threaded (reference) # ############################################################## mkdir /opt/blap-lib/netlib/ apt-get -y install libblas3 liblapack3 cp /usr/lib/libblas/libblas.so.3.0 /opt/blap-lib/netlib/ cp /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.0 /opt/blap-lib/netlib/ apt-get -y purge libblas3 liblapack3 ############################################################## # ATLAS (st) # # - http://math-atlas.sourceforge.net/ # # - BLAS + LAPACK # # - single-threaded # ############################################################## mkdir /opt/blap-lib/atlas-st/ apt-get -y install libatlas3-base cp /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3 /opt/blap-lib/atlas-st/ cp /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3 /opt/blap-lib/atlas-st/ apt-get -y purge libatlas3-base ############################################################## # OpenBLAS # # - http://www.openblas.net/ # # - BLAS + LAPACK # # - multi-threaded # ############################################################## mkdir /opt/blap-lib/openblas/ apt-get -y install libopenblas-base cp /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3 /opt/blap-lib/openblas/ cp /usr/lib/openblas-base/liblapack.so.3 /opt/blap-lib/openblas/ apt-get -y purge libopenblas-base ############################################################## # ATLAS (mt) # # - http://math-atlas.sourceforge.net/ # # - BLAS + LAPACK # # - multi-threaded # ############################################################## # disable CPU throttling! mkdir /opt/blap-lib/atlas-mt/ curl -L https://sourceforge.net/projects/math-atlas/files/Developer%20%28unstable%29/3.11.38/atlas3.11.38.tar.bz2/download > atlas3.11.38.tar.bz2 tar -xvf atlas3.11.38.tar.bz2 rm atlas3.11.38.tar.bz2 cd ATLAS mkdir build cd build wget ${WGET_OPTIONS} http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.6.0.tgz ../configure --shared --with-netlib-lapack-tarfile=`pwd`/lapack-3.6.0.tgz make cp lib/libtatlas.so /opt/blap-lib/atlas-mt/ cd ../../ rm -r ATLAS ############################################################## # GotoBLAS2 # # - https://prs.ism.ac.jp/~nakama/SurviveGotoBLAS2/ # # - BLAS + LAPACK # # - multi-threaded # ############################################################## mkdir /opt/blap-lib/gotoblas2/ wget ${WGET_OPTIONS} https://prs.ism.ac.jp/~nakama/SurviveGotoBLAS2/SurviveGotoBLAS2_3.141.tar.gz tar -xvf SurviveGotoBLAS2_3.141.tar.gz rm SurviveGotoBLAS2_3.141.tar.gz cd survivegotoblas2-3.141 make -j `nproc` cd .. cp survivegotoblas2-3.141/exports/libgoto2_nehalemp-r3.141_blas.so /opt/blap-lib/gotoblas2/ cp survivegotoblas2-3.141/exports/libgoto2_nehalemp-r3.141_lapack.so /opt/blap-lib/gotoblas2/ rm -r survivegotoblas2-3.141 ############################################################## # MKL # # - https://mran.microsoft.com/documents/rro/multithread/ # # - BLAS + LAPACK # # - multi-threaded # ############################################################## mkdir /opt/blap-lib/mkl/ wget ${WGET_OPTIONS} https://mran.microsoft.com/install/mro/${MRO_VERSION}/RevoMath-${MRO_VERSION}.tar.gz tar -xvzf RevoMath-${MRO_VERSION}.tar.gz rm RevoMath-${MRO_VERSION}.tar.gz sed -i '16,18d' RevoMath/RevoMath.sh mv RevoMath /opt/blap-lib/mkl/ # install: cd /opt/blap-lib/mkl/RevoMath ; echo 1 | ./RevoMath.sh # uninstall: cd /opt/blap-lib/mkl/RevoMath ; echo 2 | ./RevoMath.sh ############################################################## # BLIS # # - https://github.com/flame/blis # # - BLAS # # - multi-threaded # ############################################################## mkdir /opt/blap-lib/blis/ git clone https://github.com/flame/blis.git cd blis ./configure --enable-shared auto make -j `nproc` cd .. cp `find ./blis/ -name "libblis.so"` /opt/blap-lib/blis/ rm -r blis ############################################################## ############################################################## ## GPU ## ############################################################## ############################################################## ############################################################## # clBLAS # # - https://github.com/clMathLibraries/clBLAS # # - BLAS # # - OpenCL # ############################################################## git clone https://github.com/clMathLibraries/clBLAS.git ############################################################## # cuBLAS (NVBLAS) # # - https://developer.nvidia.com/cublas # # - BLAS # # - CUDA # ############################################################## wget ${WGET_OPTIONS} http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/7.5/Prod/local_installers/cuda-repo-ubuntu1504-7-5-local_7.5-18_amd64.deb gdebi -n cuda-repo-ubuntu1504-7-5-local_7.5-18_amd64.deb rm cuda-repo-ubuntu1504-7-5-local_7.5-18_amd64.deb ############################################################## # MAGMA # # - http://icl.cs.utk.edu/magma/software/ # # - LAPACK # # - OpenCL, CUDA # ############################################################## ############################################################## # CULA # # - http://www.culatools.com/ # # - LAPACK # # - CUDA # ##############################################################