#!/bin/bash
WGET_OPTIONS="--no-check-certificate"
MRO_VERSION="3.2.4"
# update debian repos & upgrade packages
apt-get update
DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -y -o Dpkg::Options::="--force-confdef" -o Dpkg::Options::="--force-confnew" upgrade
# install new packages for R
apt-get -y install build-essential gfortran ed htop libxml2-dev ca-certificates curl libcurl4-openssl-dev gdebi-core sshpass
# hack with Microsoft R Open deps
wget ${WGET_OPTIONS} http://ftp.pl.debian.org/debian/pool/main/libj/libjpeg8/libjpeg8_8d1-2_amd64.deb
gdebi -n libjpeg8_8d1-2_amd64.deb
rm libjpeg8_8d1-2_amd64.deb
# install Microsoft R Open
wget ${WGET_OPTIONS} https://mran.microsoft.com/install/mro/${MRO_VERSION}/MRO-${MRO_VERSION}-Ubuntu-15.4.x86_64.deb
gdebi -n MRO-${MRO_VERSION}-Ubuntu-15.4.x86_64.deb
rm MRO-${MRO_VERSION}-Ubuntu-15.4.x86_64.deb
# make symbolic link to R libraries dir
ln -s /usr/lib64/MRO-${MRO_VERSION}/R-${MRO_VERSION}/lib/R/lib/ /opt/MRO-lib
# make directory for BLAS and LAPACK libraries
mkdir -p /opt/blap-lib/
# Generic BLAS & LAPACK install/uninstall in R:
#
# install: mv /opt/MRO-lib/libRblas.so /opt/MRO-lib/libRblas.so.orig
# mv /opt/MRO-lib/libRlapack.so /opt/MRO-lib/libRlapack.so.orig
# ln -s /opt/blap-lib/xxx/libblas.so /opt/MRO-lib/libRblas.so
# ln -s /opt/blap-lib/xxx/liblapack.so /opt/MRO-lib/libRlapack.so
#
# uninstall: rm /opt/MRO-lib/libRblas.so
# rm /opt/MRO-lib/libRlapack.so
# mv /opt/MRO-lib/libRblas.so.orig /opt/MRO-lib/libRblas.so
# mv /opt/MRO-lib/libRlapack.so.orig /opt/MRO-lib/libRlapack.so
##############################################################
##############################################################
## CPU ##
##############################################################
##############################################################
##############################################################
# netlib #
# - http://www.netlib.org/ #
# - BLAS + LAPACK #
# - single-threaded (reference) #
##############################################################
mkdir /opt/blap-lib/netlib/
apt-get -y install libblas3 liblapack3
cp /usr/lib/libblas/libblas.so.3.0 /opt/blap-lib/netlib/
cp /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.0 /opt/blap-lib/netlib/
apt-get -y purge libblas3 liblapack3
##############################################################
# ATLAS (st) #
# - http://math-atlas.sourceforge.net/ #
# - BLAS + LAPACK #
# - single-threaded #
##############################################################
mkdir /opt/blap-lib/atlas-st/
apt-get -y install libatlas3-base
cp /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3 /opt/blap-lib/atlas-st/
cp /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3 /opt/blap-lib/atlas-st/
apt-get -y purge libatlas3-base
##############################################################
# OpenBLAS #
# - http://www.openblas.net/ #
# - BLAS + LAPACK #
# - multi-threaded #
##############################################################
mkdir /opt/blap-lib/openblas/
apt-get -y install libopenblas-base
cp /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3 /opt/blap-lib/openblas/
cp /usr/lib/openblas-base/liblapack.so.3 /opt/blap-lib/openblas/
apt-get -y purge libopenblas-base
##############################################################
# ATLAS (mt) #
# - http://math-atlas.sourceforge.net/ #
# - BLAS + LAPACK #
# - multi-threaded #
##############################################################
# disable CPU throttling!
mkdir /opt/blap-lib/atlas-mt/
curl -L https://sourceforge.net/projects/math-atlas/files/Developer%20%28unstable%29/3.11.38/atlas3.11.38.tar.bz2/download > atlas3.11.38.tar.bz2
tar -xvf atlas3.11.38.tar.bz2
rm atlas3.11.38.tar.bz2
cd ATLAS
mkdir build
cd build
wget ${WGET_OPTIONS} http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.6.0.tgz
../configure --shared --with-netlib-lapack-tarfile=`pwd`/lapack-3.6.0.tgz
make
cp lib/libtatlas.so /opt/blap-lib/atlas-mt/
cd ../../
rm -r ATLAS
##############################################################
# GotoBLAS2 #
# - https://prs.ism.ac.jp/~nakama/SurviveGotoBLAS2/ #
# - BLAS + LAPACK #
# - multi-threaded #
##############################################################
mkdir /opt/blap-lib/gotoblas2/
wget ${WGET_OPTIONS} https://prs.ism.ac.jp/~nakama/SurviveGotoBLAS2/SurviveGotoBLAS2_3.141.tar.gz
tar -xvf SurviveGotoBLAS2_3.141.tar.gz
rm SurviveGotoBLAS2_3.141.tar.gz
cd survivegotoblas2-3.141
make -j `nproc`
cd ..
cp survivegotoblas2-3.141/exports/libgoto2_nehalemp-r3.141_blas.so /opt/blap-lib/gotoblas2/
cp survivegotoblas2-3.141/exports/libgoto2_nehalemp-r3.141_lapack.so /opt/blap-lib/gotoblas2/
rm -r survivegotoblas2-3.141
##############################################################
# MKL #
# - https://mran.microsoft.com/documents/rro/multithread/ #
# - BLAS + LAPACK #
# - multi-threaded #
##############################################################
mkdir /opt/blap-lib/mkl/
wget ${WGET_OPTIONS} https://mran.microsoft.com/install/mro/${MRO_VERSION}/RevoMath-${MRO_VERSION}.tar.gz
tar -xvzf RevoMath-${MRO_VERSION}.tar.gz
rm RevoMath-${MRO_VERSION}.tar.gz
sed -i '16,18d' RevoMath/RevoMath.sh
mv RevoMath /opt/blap-lib/mkl/
# install: cd /opt/blap-lib/mkl/RevoMath ; echo 1 | ./RevoMath.sh
# uninstall: cd /opt/blap-lib/mkl/RevoMath ; echo 2 | ./RevoMath.sh
##############################################################
# BLIS #
# - https://github.com/flame/blis #
# - BLAS #
# - multi-threaded #
##############################################################
mkdir /opt/blap-lib/blis/
git clone https://github.com/flame/blis.git
cd blis
./configure --enable-shared auto
make -j `nproc`
cd ..
cp `find ./blis/ -name "libblis.so"` /opt/blap-lib/blis/
rm -r blis
##############################################################
##############################################################
## GPU ##
##############################################################
##############################################################
##############################################################
# clBLAS #
# - https://github.com/clMathLibraries/clBLAS #
# - BLAS #
# - OpenCL #
##############################################################
git clone https://github.com/clMathLibraries/clBLAS.git
##############################################################
# cuBLAS (NVBLAS) #
# - https://developer.nvidia.com/cublas #
# - BLAS #
# - CUDA #
##############################################################
wget ${WGET_OPTIONS} http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/7.5/Prod/local_installers/cuda-repo-ubuntu1504-7-5-local_7.5-18_amd64.deb
gdebi -n cuda-repo-ubuntu1504-7-5-local_7.5-18_amd64.deb
rm cuda-repo-ubuntu1504-7-5-local_7.5-18_amd64.deb
##############################################################
# MAGMA #
# - http://icl.cs.utk.edu/magma/software/ #
# - LAPACK #
# - OpenCL, CUDA #
##############################################################
##############################################################
# CULA #
# - http://www.culatools.com/ #
# - LAPACK #
# - CUDA #
##############################################################