146 lines
5.2 KiB
R
146 lines
5.2 KiB
R
library(shiny)
|
|
library(magrittr)
|
|
library(ggplot2)
|
|
library(plotly)
|
|
library(DT)
|
|
|
|
calculatorViewUI <- function(id){
|
|
ns <- NS(id)
|
|
|
|
uiOutput("view")
|
|
|
|
|
|
}
|
|
|
|
calculatorViewServer <- function(input, output, session) {
|
|
|
|
pl <- list(
|
|
emptyTable="Tabela jest pusta",
|
|
sSearch = "Szukaj",
|
|
sInfo="Wyniki od _START_ do _END_ z _TOTAL_ rekordow",
|
|
sZeroRecords="Brak rekordow",
|
|
sEmptyTable="Pusta tabela",
|
|
oPaginate= list(
|
|
sFirst="Pierwsza", sPrevious="Poprzednia",sLast="Ostatnia", sNext="Nastepna"
|
|
),
|
|
sLengthMenu = "Pokaz _MENU_ rekordow na stronie"
|
|
)
|
|
|
|
component <- reactive({
|
|
if (is.null(get_query_param()$id)) {
|
|
return(NULL)
|
|
}else{
|
|
return(as.numeric(get_query_param()$id))
|
|
}
|
|
|
|
})
|
|
|
|
component2 <- reactive({
|
|
if(length(get_query_param())==1 ){
|
|
queryParam = as.numeric(get_query_param())
|
|
r = httr::GET(paste("http://localhost:8080/api/prediction/get/",as.character(queryParam),sep = ""),add_headers(Authorization=paste("Bearer",input$token,sep=" ")),encode = 'json')
|
|
r
|
|
|
|
}
|
|
})
|
|
component3<-eventReactive(input$pageIOTA,{
|
|
|
|
if(length(get_query_param())==1 ){
|
|
queryParam = as.numeric(get_query_param())
|
|
r = httr::GET(paste("http://localhost:8080/api/prediction/get/",as.character(queryParam),sep = ""),add_headers(Authorization=paste("Bearer",input$token,sep=" ")),encode = 'json')
|
|
|
|
r
|
|
}else{
|
|
NULL
|
|
}
|
|
})
|
|
|
|
observe({
|
|
|
|
if(get_page()=="iota"){
|
|
|
|
shinyjs::runjs('Shiny.onInputChange("pageIOTA", "iota");')
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
}
|
|
|
|
|
|
|
|
})
|
|
|
|
output$view<-renderUI({
|
|
response <- component3()
|
|
|
|
if(is.null(response)){
|
|
|
|
}else{
|
|
|
|
|
|
r = response
|
|
|
|
if(r$status_code==200){
|
|
z=-5.3718+0.0354*as.numeric(content(r)$prediction$parameterInts[[1]]$value)+1.6159*as.numeric(content(r)$prediction$parameterInts[[2]]$value)+1.1768*as.numeric(content(r)$prediction$parameterInts[[3]]$value)+0.0697*as.numeric(content(r)$prediction$parameterInts[[4]]$value)+0.9586*as.numeric(content(r)$prediction$parameterInts[[5]]$value)-2.9486*as.numeric(content(r)$prediction$parameterInts[[6]]$value)
|
|
x=seq(by=1,-8,8)
|
|
y=round(1/(1+exp(-x)),3)
|
|
d=data.frame(x,y)
|
|
|
|
|
|
g=ggplot(data=d,aes(x=x,y=y))+
|
|
geom_line()+
|
|
geom_point(aes(x=z,y=round(1/(1+exp(-z)),3)),color="red",size=4)+
|
|
geom_hline(aes(yintercept=0.1),linetype = "dashed")+
|
|
geom_text(aes(x=6,y=0.15),label="próg złośliwości: 0.1")+
|
|
labs(x="Realność",y="Prognoza")
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
fluidPage(
|
|
fluidRow(
|
|
column(12,
|
|
tags$div("Kalkulator wskaźnika ryzyka nowotworu jajnika (IOTA LR2)") %>% tagAppendAttributes(class="panel-title"),
|
|
wellPanel(
|
|
p("Szczegółowy opis algorytmu znajduje się w artykule: Timmerman D, Testa AC, Bourne T, [i in.]. Model regresji logistycznej do rozróżniania łagodnych i złośliwych guzów przydatków przed operacją: wieloośrodkowe badanie przeprowadzone przez International Ovarian Tumor Analysis Group. J Clin Oncol. 2005, 23, 8794-8801."),
|
|
p("Ogólnie algorytm LR2 przewiduje, że nowotwór jest łagodny, gdy pacjent jest młody, lity składnik zmiany jest mały i występują cienie akustyczne. Możesz to sprawdzić empirycznie za pomocą różnych kombinacji wartości wejściowych."),
|
|
|
|
HTML(paste("Surowa wartość predyktora (im niższa, tym lepiej): ", strong(content(r)$prediction$resultValue))),
|
|
br(),
|
|
HTML(content(r)$prediction$resultText),
|
|
|
|
ggplotly(g),
|
|
disabled(sliderInput("vslider1", strong("Wiek pacjenta:"),min = 14, max = 100, value = content(r)$prediction$parameterInts[[1]]$value)),
|
|
disabled(selectInput("vselect1",strong("Obecność wodobrzusza:"),choices = list("Nie"=0,"Tak"=1),selected=content(r)$prediction$parameterInts[[2]]$value)),
|
|
disabled(selectInput("vselect2",strong("Obecność przepływu krwi w projekcji brodawkowatej:"),choices = list("Nie"=0,"Tak"=1),selected=content(r)$prediction$parameterInts[[3]]$value)),
|
|
disabled(sliderInput("vslider2", strong("Największa średnica elementu stałego (w mm):"),min = 0, max = 200, value =content(r)$prediction$parameterInts[[4]]$value)),
|
|
disabled(selectInput("vselect3",strong("Nieregularna wewnętrzna ściana torbieli:"),choices = list("Nie"=0,"Tak"=1),selected=content(r)$prediction$parameterInts[[5]]$value)),
|
|
disabled(selectInput("vselect4",strong("Obecność cieni akustycznych:"),choices = list("Nie"=0,"Tak"=1),selected=content(r)$prediction$parameterInts[[6]]$value)),
|
|
))%>% tagAppendAttributes(id = 'column-content')
|
|
|
|
) %>% tagAppendAttributes(id = 'row-content'),
|
|
fluidRow(
|
|
column(12,
|
|
tags$span("© Copyright Wszystkie prawa zastrzeżone."))%>% tagAppendAttributes(id = 'column-copyright'),
|
|
)%>% tagAppendAttributes(id = 'row-footer')
|
|
|
|
)
|
|
|
|
}else{
|
|
shinyjs::runjs('window.location.replace(\'/#!/home\');')
|
|
|
|
}
|
|
|
|
|
|
}
|
|
|
|
|
|
}
|
|
|
|
)
|
|
|
|
|
|
}
|
|
|