s464900/uczenie-maszynowe

Fork 0

forked from pms/uczenie-maszynowe

Paweł Skórzewski 2a2ff36b44 Wykład 9

2022-12-09 15:06:29 +01:00

614 KiB

Raw Blame History

Uczenie maszynowe

9. Przegląd metod uczenia nadzorowanego – część 1

9.1. Naiwny klasyfikator bayesowski

Naiwny klasyfikator bayesowski jest algorytmem dla problemu klasyfikacji wieloklasowej.
Naszym celem jest znalezienie funkcji uczącej $f \colon x \mapsto y$, gdzie $y$ oznacza jedną ze zdefiniowanych wcześniej klas.
Klasyfikacja probabilistyczna polega na wskazaniu klasy o najwyższym prawdopodobieństwie: $$ \hat{y} = \mathop{\arg \max}_y P( y ,|, x ) $$
Naiwny klasyfikator bayesowski należy do rodziny klasyfikatorów probabilistycznych

Thomas Bayes (wymowa: /beɪz/) (1702–1761) – angielski matematyk i duchowny

Twierdzenie Bayesa – wzór ogólny

$$ P( Y ,|, X ) = \frac{ P( X ,|, Y ) \cdot P( Y ) }{ P ( X ) } $$

Twierdzenie Bayesa opisuje związek między prawdopodobieństwami warunkowymi dwóch zdarzeń warunkujących się nawzajem.

Twierdzenie Bayesa

(po zastosowaniu wzoru na prawdopodobieństwo całkowite)

$$ \underbrace{P( y_k ,|, x )}_\textrm{ prawd. a posteriori } = \frac{ \overbrace{ P( x ,|, y_k )}^\textrm{ model klasy } \cdot \overbrace{P( y_k )}^\textrm{ prawd. a priori } }{ \underbrace{\sum{i} P( x ,|, y_i ) , P( y_i )}_\textrm{wyrażenie normalizacyjne} } $$

W tym przypadku „zdarzenie $x$” oznacza, że cechy wejściowe danej obserwacji przyjmują wartości opisane wektorem $x$.
„Zdarzenie $y_k$” oznacza, że dana obserwacja należy do klasy $y_k$.
Model klasy $y_k$ opisuje rozkład prawdopodobieństwa cech obserwacji należących do tej klasy.
Prawdopodobieństwo _a priori to prawdopodobienstwo, że losowa obserwacja należy do klasy $y_k$.
Prawdopodobieństwo _a posteriori to prawdopodobieństwo, którego szukamy: że obserwacja opisana wektorem cech $x$ należy do klasy $y_k$.

Rola wyrażenia normalizacyjnego w twierdzeniu Bayesa

Wartość wyrażenia normalizacyjnego nie wpływa na wynik klasyfikacji.

Przykład: obserwacja nietypowa ma małe prawdopodobieństwo względem dowolnej klasy, wyrażenie normalizacyjne sprawia, że to prawdopodobieństwo staje się porównywalne z prawdopodobieństwami typowych obserwacji, ale nie wpływa na klasyfikację!

Klasyfikatory dyskryminatywne a generatywne

Klasyfikatory generatywne tworzą model rozkładu prawdopodobieństwa dla każdej z klas.
Klasyfikatory dyskryminatywne wyznaczają granicę klas (_decision boundary) bezpośrednio.
Naiwny klasyfikator bayesowski jest klasyfikatorem generatywnym (ponieważ wyznacza $P( x ,|, y )$).
Wszystkie klasyfikatory generatywne są probabilistyczne, ale nie na odwrót.
Regresja logistyczna jest przykładem klasyfikatora dyskryminatywnego.

Założenie niezależności dla naiwnego klasyfikatora bayesowskiego

Naiwny klasyfikator bayesowski jest _naiwny, ponieważ zakłada, że poszczególne cechy są niezależne od siebie: $$ P( x_1, \ldots, x_n ,|, y ) ,=, \prod_{i=1}^n P( x_i ,|, x_1, \ldots, x_{i-1}, y ) ,=, \prod_{i=1}^n P( x_i ,|, y ) $$
To założenie jest bardzo przydatne ze względów obliczeniowych, ponieważ bardzo często mamy do czynienia z ogromną liczbą cech (bitmapy, słowniki itp.)

Naiwny klasyfikator bayesowski – przykład

# Przydtne importy

import ipywidgets as widgets
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import pandas

%matplotlib inline

# Wczytanie danych (gatunki kosaćców)

data_iris = pandas.read_csv('iris.csv')
data_iris_setosa = pandas.DataFrame()
data_iris_setosa['dł. płatka'] = data_iris['pl']  # "pl" oznacza "petal length"
data_iris_setosa['szer. płatka'] = data_iris['pw']  # "pw" oznacza "petal width"
data_iris_setosa['Iris setosa?'] = data_iris['Gatunek'].apply(lambda x: 1 if x=='Iris-setosa' else 0)

m, n_plus_1 = data_iris_setosa.values.shape
n = n_plus_1 - 1
Xn = data_iris_setosa.values[:, 0:n].reshape(m, n)

X = np.matrix(np.concatenate((np.ones((m, 1)), Xn), axis=1)).reshape(m, n_plus_1)
Y = np.matrix(data_iris_setosa.values[:, 2]).reshape(m, 1)

classes = [0, 1]
count = [sum(1 if y == c else 0 for y in Y.T.tolist()[0]) for c in classes]
prior_prob = [float(count[c]) / float(Y.shape[0]) for c in classes]

print('liczba przykładów: ', {c: count[c] for c in classes})
print('prior probability:', {c: prior_prob[c] for c in classes})

liczba przykładów:  {0: 100, 1: 50}
prior probability: {0: 0.6666666666666666, 1: 0.3333333333333333}

# Wykres danych (wersja macierzowa)
def plot_data_for_classification(X, Y, xlabel, ylabel):    
    fig = plt.figure(figsize=(16*.6, 9*.6))
    ax = fig.add_subplot(111)
    fig.subplots_adjust(left=0.1, right=0.9, bottom=0.1, top=0.9)
    X = X.tolist()
    Y = Y.tolist()
    X1n = [x[1] for x, y in zip(X, Y) if y[0] == 0]
    X1p = [x[1] for x, y in zip(X, Y) if y[0] == 1]
    X2n = [x[2] for x, y in zip(X, Y) if y[0] == 0]
    X2p = [x[2] for x, y in zip(X, Y) if y[0] == 1]
    ax.scatter(X1n, X2n, c='r', marker='x', s=50, label='Dane')
    ax.scatter(X1p, X2p, c='g', marker='o', s=50, label='Dane')
    
    ax.set_xlabel(xlabel)
    ax.set_ylabel(ylabel)
    ax.margins(.05, .05)
    return fig

fig = plot_data_for_classification(X, Y, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')

XY = np.column_stack((X, Y))
XY_split = [XY[np.where(XY[:,3] == c)[0]] for c in classes]
X_split = [XY_split[c][:,0:3] for c in classes]
Y_split = [XY_split[c][:,3] for c in classes]

X_mean = [np.mean(X_split[c], axis=0) for c in classes]
X_std = [np.std(X_split[c], axis=0) for c in classes]
print('średnia: ', X_mean) 
print('odchylenie standardowe: ', X_std)

print(X_std[0].shape)

średnia:  [matrix([[1.   , 4.906, 1.676]]), matrix([[1.   , 1.464, 0.244]])]
odchylenie standardowe:  [matrix([[0.        , 0.8214402 , 0.42263933]]), matrix([[0.        , 0.17176728, 0.10613199]])]
(1, 3)

# Rysowanie średnich
def draw_means(fig, means, xmin=0.0, xmax=7.0, ymin=0.0, ymax=7.0):
    class_color = {0: 'r', 1: 'g'}
    classes = range(len(means))
    ax = fig.axes[0]
    mean_x1 = [means[c].item(0, 1) for c in classes]
    mean_x2 = [means[c].item(0, 2) for c in classes]
    for c in classes:
        ax.plot([mean_x1[c], mean_x1[c]], [xmin, xmax],
                color=class_color.get(c, 'c'), linestyle='dashed')
        ax.plot([ymin, ymax], [mean_x2[c], mean_x2[c]],
                color=class_color.get(c, 'c'), linestyle='dashed')

from scipy.stats import norm

# Prawdopodobieństwo klasy dla pojedynczej cechy
# Uwaga: jeżeli odchylenie standardowe dla danej cechy jest równe 0, 
# to nie można określić prawdopodbieństwa klasy!
def prob(x, c, feature, mean, std):
    sd = std[c].item(0, feature)
    if sd == 0:
        print('Nie można określić prawdopodobieństwa klasy dla cechy {}.!'.format(feature))
    return norm(mean[c].item(0, feature), sd).pdf(x)

# Prawdopodobieństwo klasy
# Uwaga: tu bierzemy iloczyn dwóch cech (1. i 2.), w ogólności może być ich więcej
def class_prob(x, c, mean, std, features=[1, 2]):
    result = 1
    for feature in features:
        result *= prob(x[feature], c, feature, mean, std)
    return result

print(X_std[0].shape)
print(X_std)
print(X_mean)

X_prob_0=class_prob(X, 0, X_mean, X_std)
print(X_prob_0)

(1, 3)
[matrix([[0.        , 0.8214402 , 0.42263933]]), matrix([[0.        , 0.17176728, 0.10613199]])]
[matrix([[1.   , 4.906, 1.676]]), matrix([[1.   , 1.464, 0.244]])]
[[1.57003335e-06 1.61965173e-23 3.09005273e-08]]

# Wykres prawdopodobieństw klas
def plot_prob(fig, X_mean, X_std, classes, xmin=0.0, xmax=7.0, ymin=0.0, ymax=7.0):
    class_color = {0: 'r', 1: 'g'}
    ax = fig.axes[0]
    x1, x2 = np.meshgrid(np.arange(xmin, xmax, 0.02),
                         np.arange(xmin, xmax, 0.02))
    for c in classes:
        fun1 = lambda x: prob(x, c, 1, X_mean, X_std)
        fun2 = lambda x: prob(x, c, 2, X_mean, X_std)
        p = fun1(x1) * fun2(x2)
        plt.contour(x1, x2, p, levels=np.arange(0.0, 1.0, 0.1),
                    colors=class_color.get(c, 'c'), lw=3)

fig = plot_data_for_classification(X, Y, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
draw_means(fig, X_mean)
plot_prob(fig, X_mean, X_std, classes)

<ipython-input-10-793ac8294852>:11: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(x1, x2, p, levels=np.arange(0.0, 1.0, 0.1),

# Prawdopodobieństwo a posteriori
def posterior_prob(x, c):
    normalizer = sum(class_prob(x, c, X_mean, X_std)
                     * prior_prob[c]
                    for c in classes)
    return (class_prob(x, c, X_mean, X_std) 
            * prior_prob[c]
            / normalizer)

Aby teraz przewidzieć klasę $y$ dla dowolnego zestawu cech $x$, wystarczy sprawdzić, dla której klasy prawdopodobieństwo _a posteriori jest większe:

# Funkcja klasyfikująca (funkcja predykcji)
def predict_class(x):
    p = [posterior_prob(x, c) for c in classes]
    if p[1] > p[0]:
        return 1
    else:
        return 0

x = [1, 2.0, 0.5]  # długość płatka: 2.0, szerokość płatka: 0.5
y = predict_class(x)
print(y)  # 1 – To prawdopodobnie jest Iris setosa

x = [1, 2.5, 1.0]  # długość płatka: 2.5, szerokość płatka: 1.0
y = predict_class(x)
print(y)  # 0 – To prawdopodobnie nie jest Iris setosa

1
0

Zobaczmy, jak to wygląda na wykresie. Narysujemy w tym celu granicę między klasą 1 a 0:

# Wykres granicy klas dla naiwnego Bayesa
def plot_decision_boundary_bayes(fig, X_mean, X_std, xmin=0.0, xmax=7.0, ymin=0.0, ymax=7.0):
    ax = fig.axes[0]
    x1, x2 = np.meshgrid(np.arange(xmin, xmax, 0.02),
                         np.arange(ymin, ymax, 0.02))
    p = [posterior_prob([1, x1, x2], c) for c in classes]
    p_diff = p[1] - p[0]
    plt.contour(x1, x2, p_diff, levels=[0.0], colors='c', lw=3);

fig = plot_data_for_classification(X, Y, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
plot_decision_boundary_bayes(fig, X_mean, X_std)

<ipython-input-15-da039958d168>:8: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(x1, x2, p_diff, levels=[0.0], colors='c', lw=3);

Dla porównania: regresja logistyczna na tych samych danych

def powerme(x1,x2,n):
    X = []
    for m in range(n+1):
        for i in range(m+1):
            X.append(np.multiply(np.power(x1,i),np.power(x2,(m-i))))
    return np.hstack(X)

# Funkcja logistyczna
def safeSigmoid(x, eps=0):
    y = 1.0/(1.0 + np.exp(-x))
    if eps > 0:
        y[y < eps] = eps
        y[y > 1 - eps] = 1 - eps
    return y

# Funkcja hipotezy dla regresji logistycznej
def h(theta, X, eps=0.0):
    return safeSigmoid(X*theta, eps)

# Funkcja kosztu dla regresji logistycznej
def J(h,theta,X,y, lamb=0):
    m = len(y)
    f = h(theta, X, eps=10**-7)
    j = -np.sum(np.multiply(y, np.log(f)) + 
                np.multiply(1 - y, np.log(1 - f)), axis=0)/m
    if lamb > 0:
        j += lamb/(2*m) * np.sum(np.power(theta[1:],2))
    return j

# Gradient funkcji kosztu
def dJ(h,theta,X,y,lamb=0):
    g = 1.0/y.shape[0]*(X.T*(h(theta,X)-y))
    if lamb > 0:
        g[1:] += lamb/float(y.shape[0]) * theta[1:] 
    return g

# Funkcja klasyfikująca
def classifyBi(theta, X):
    prob = h(theta, X)
    return prob

# Przygotowanie danych dla wielomianowej regresji logistycznej

data = np.matrix(data_iris_setosa)

Xpl = powerme(data[:, 1], data[:, 0], n)
Ypl = np.matrix(data[:, 2]).reshape(m, 1)

# Metoda gradientu prostego dla regresji logistycznej
def GD(h, fJ, fdJ, theta, X, y, alpha=0.01, eps=10**-3, maxSteps=10000):
    errorCurr = fJ(h, theta, X, y)
    errors = [[errorCurr, theta]]
    while True:
        # oblicz nowe theta
        theta = theta - alpha * fdJ(h, theta, X, y)
        # raportuj poziom błędu
        errorCurr, errorPrev = fJ(h, theta, X, y), errorCurr
        # kryteria stopu
        if abs(errorPrev - errorCurr) <= eps:
            break
        if len(errors) > maxSteps:
            break
        errors.append([errorCurr, theta]) 
    return theta, errors

# Uruchomienie metody gradientu prostego dla regresji logistycznej
theta_start = np.matrix(np.zeros(Xpl.shape[1])).reshape(Xpl.shape[1], 1)
theta, errors = GD(h, J, dJ, theta_start, Xpl, Ypl, 
                       alpha=0.1, eps=10**-7, maxSteps=100000)
print(r'theta = {}'.format(theta))

theta = [[ 4.01960795]
 [ 3.89499137]
 [ 0.18747599]
 [-1.3524039 ]
 [-2.00123783]
 [-0.87625505]]

# Wykres granicy klas
def plot_decision_boundary(fig, theta, Xpl, xmin=0.0, xmax=7.0):
    ax = fig.axes[0]
    xx, yy = np.meshgrid(np.arange(xmin, xmax, 0.02),
                         np.arange(xmin, xmax, 0.02))
    l = len(xx.ravel())
    C = powerme(yy.reshape(l, 1), xx.reshape(l, 1), n)
    z = classifyBi(theta, C).reshape(int(np.sqrt(l)), int(np.sqrt(l)))

    plt.contour(xx, yy, z, levels=[0.5], colors='m', lw=3);

fig = plot_data_for_classification(Xpl, Ypl, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
plot_decision_boundary(fig, theta, Xpl)

<ipython-input-21-f44dd646c57d>:10: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(xx, yy, z, levels=[0.5], colors='m', lw=3);

fig = plot_data_for_classification(Xpl, Ypl, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
plot_decision_boundary(fig, theta, Xpl)
plot_decision_boundary_bayes(fig, X_mean, X_std)

<ipython-input-21-f44dd646c57d>:10: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(xx, yy, z, levels=[0.5], colors='m', lw=3);
<ipython-input-15-da039958d168>:8: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(x1, x2, p_diff, levels=[0.0], colors='c', lw=3);

Inny przykład

# Wczytanie danych (gatunki kosaćców)

data_iris = pandas.read_csv('iris.csv')
data_iris_versicolor = pandas.DataFrame()
data_iris_versicolor['dł. płatka'] = data_iris['pl']  # "pl" oznacza "petal length"
data_iris_versicolor['szer. płatka'] = data_iris['pw']  # "pw" oznacza "petal width"
data_iris_versicolor['Iris versicolor?'] = data_iris['Gatunek'].apply(lambda x: 1 if x=='Iris-versicolor' else 0)

m, n_plus_1 = data_iris_versicolor.values.shape
n = n_plus_1 - 1
Xn = data_iris_versicolor.values[:, 0:n].reshape(m, n)

X = np.matrix(np.concatenate((np.ones((m, 1)), Xn), axis=1)).reshape(m, n_plus_1)
Y = np.matrix(data_iris_setosa.values[:, 2]).reshape(m, 1)

classes = [0, 1]
count = [sum(1 if y == c else 0 for y in Y.T.tolist()[0]) for c in classes]
prior_prob = [float(count[c]) / float(Y.shape[0]) for c in classes]

print('liczba przykładów: ', {c: count[c] for c in classes})
print('prior probability:', {c: prior_prob[c] for c in classes})

liczba przykładów:  {0: 100, 1: 50}
prior probability: {0: 0.6666666666666666, 1: 0.3333333333333333}

fig = plot_data_for_classification(X, Y, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')

XY = np.column_stack((X, Y))
XY_split = [XY[np.where(XY[:,3] == c)[0]] for c in classes]
X_split = [XY_split[c][:,0:3] for c in classes]
Y_split = [XY_split[c][:,3] for c in classes]

X_mean = [np.mean(X_split[c], axis=0) for c in classes]
X_std = [np.std(X_split[c], axis=0) for c in classes]
print('średnia: ', X_mean) 
print('odchylenie standardowe: ', X_std)

średnia:  [matrix([[1.   , 4.906, 1.676]]), matrix([[1.   , 1.464, 0.244]])]
odchylenie standardowe:  [matrix([[0.        , 0.8214402 , 0.42263933]]), matrix([[0.        , 0.17176728, 0.10613199]])]

fig = plot_data_for_classification(X, Y, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
draw_means(fig, X_mean)
plot_prob(fig, X_mean, X_std, classes)

<ipython-input-10-793ac8294852>:11: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(x1, x2, p, levels=np.arange(0.0, 1.0, 0.1),

fig = plot_data_for_classification(X, Y, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
plot_decision_boundary_bayes(fig, X_mean, X_std)

<ipython-input-15-da039958d168>:8: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(x1, x2, p_diff, levels=[0.0], colors='c', lw=3);

# Przygotowanie danych dla wielomianowej regresji logistycznej

data = np.matrix(data_iris_versicolor)

Xpl = powerme(data[:, 1], data[:, 0], n)
Ypl = np.matrix(data[:, 2]).reshape(m, 1)

# Uruchomienie metody gradientu prostego dla regresji logistycznej
theta_start = np.matrix(np.zeros(Xpl.shape[1])).reshape(Xpl.shape[1], 1)
theta, errors = GD(h, J, dJ, theta_start, Xpl, Ypl, 
                       alpha=0.05, eps=10**-7, maxSteps=100000)
print(r'theta = {}'.format(theta))

theta = [[-10.68923095]
 [  5.52649967]
 [  5.83316957]
 [ -0.60707243]
 [ -0.46353729]
 [ -2.82974456]]

fig = plot_data_for_classification(Xpl, Ypl, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
plot_decision_boundary(fig, theta, Xpl)

<ipython-input-21-f44dd646c57d>:10: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(xx, yy, z, levels=[0.5], colors='m', lw=3);

fig = plot_data_for_classification(Xpl, Ypl, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
plot_decision_boundary(fig, theta, Xpl)
plot_decision_boundary_bayes(fig, X_mean, X_std)

<ipython-input-21-f44dd646c57d>:10: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(xx, yy, z, levels=[0.5], colors='m', lw=3);
<ipython-input-15-da039958d168>:8: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(x1, x2, p_diff, levels=[0.0], colors='c', lw=3);

Kiedy naiwny Bayes nie działa?

# Wczytanie danych
import pandas
import numpy as np

alldata = pandas.read_csv('bayes_nasty.tsv', sep='\t')
data = np.matrix(alldata)

m, n_plus_1 = data.shape
n = n_plus_1 - 1
Xn = data[:, 1:]

Xbn = np.matrix(np.concatenate((np.ones((m, 1)), Xn), axis=1)).reshape(m, n_plus_1)
Xbnp = powerme(data[:, 1], data[:, 2], n)
Ybn = np.matrix(data[:, 0]).reshape(m, 1)

fig = plot_data_for_classification(Xbn, Ybn, xlabel=r'$x_1$', ylabel=r'$x_2$')

classes = [0, 1]
count = [sum(1 if y == c else 0 for y in Ybn.T.tolist()[0]) for c in classes]
prior_prob = [float(count[c]) / float(Ybn.shape[0]) for c in classes]

print('liczba przykładów: ', {c: count[c] for c in classes})
print('prior probability:', {c: prior_prob[c] for c in classes})

liczba przykładów:  {0: 69, 1: 30}
prior probability: {0: 0.696969696969697, 1: 0.30303030303030304}

XY = np.column_stack((Xbn, Ybn))
XY_split = [XY[np.where(XY[:,3] == c)[0]] for c in classes]
X_split = [XY_split[c][:,0:3] for c in classes]
Y_split = [XY_split[c][:,3] for c in classes]

X_mean = [np.mean(X_split[c], axis=0) for c in classes]
X_std = [np.std(X_split[c], axis=0) for c in classes]
print('średnia: ', X_mean) 
print('odchylenie standardowe: ', X_std)

średnia:  [matrix([[1.        , 0.03949835, 0.02825019]]), matrix([[1.        , 0.09929617, 0.06206227]])]
odchylenie standardowe:  [matrix([[0.        , 0.52318432, 0.60106092]]), matrix([[0.        , 0.61370281, 0.6081128 ]])]

fig = plot_data_for_classification(Xbn, Ybn, xlabel=r'$x_1$', ylabel=r'$x_2$')
draw_means(fig, X_mean, xmin=-1.0, xmax=1.0, ymin=-1.0, ymax=1.0)
plot_prob(fig, X_mean, X_std, classes, xmin=-1.0, xmax=1.0, ymin=-1.0, ymax=1.0)

<ipython-input-10-793ac8294852>:11: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(x1, x2, p, levels=np.arange(0.0, 1.0, 0.1),

fig = plot_data_for_classification(Xbn, Ybn, xlabel=r'$x_1$', ylabel=r'$x_2$')
plot_decision_boundary_bayes(fig, X_mean, X_std, xmin=-4.0, xmax=4.0, ymin=-4.0, ymax=4.0)

<ipython-input-15-da039958d168>:8: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(x1, x2, p_diff, levels=[0.0], colors='c', lw=3);

# Uruchomienie metody gradientu prostego dla regresji logistycznej
theta_start = np.matrix(np.zeros(Xbnp.shape[1])).reshape(Xbnp.shape[1], 1)
theta, errors = GD(h, J, dJ, theta_start, Xbnp, Ybn, 
                       alpha=0.05, eps=10**-7, maxSteps=100000)
print(r'theta = {}'.format(theta))

theta = [[-0.31582268]
 [ 0.43496774]
 [-0.21840373]
 [-7.88802319]
 [22.73897346]
 [-4.43682364]]

fig = plot_data_for_classification(Xbnp, Ybn, xlabel=r'$x_1$', ylabel=r'$x_2$')
plot_decision_boundary(fig, theta, Xbnp, xmin=-4.0, xmax=4.0)

<ipython-input-21-f44dd646c57d>:10: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(xx, yy, z, levels=[0.5], colors='m', lw=3);

fig = plot_data_for_classification(Xbn, Ybn, xlabel=r'$x_1$', ylabel=r'$x_2$')
plot_decision_boundary_bayes(fig, X_mean, X_std, xmin=-4.0, xmax=4.0, ymin=-4.0, ymax=4.0)
plot_decision_boundary(fig, theta, Xbnp, xmin=-4.0, xmax=4.0)

<ipython-input-15-da039958d168>:8: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(x1, x2, p_diff, levels=[0.0], colors='c', lw=3);
<ipython-input-21-f44dd646c57d>:10: UserWarning: The following kwargs were not used by contour: 'lw'
  plt.contour(xx, yy, z, levels=[0.5], colors='m', lw=3);

Naiwny klasyfikator Bayesa nie działa, jeżeli dane nie różnią się ani średnią, ani odchyleniem standardowym.

9.2. Algorytm $k$ najbliższych sąsiadów

KNN – intuicja

Do której kategorii powinien należeć punkt oznaczony gwiazdką?

# Przydatne importy

import ipywidgets as widgets
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import pandas

%matplotlib inline

# Wczytanie danych (gatunki kosaćców)

data_iris = pandas.read_csv('iris.csv')
data_iris_setosa = pandas.DataFrame()
data_iris_setosa['dł. płatka'] = data_iris['pl']  # "pl" oznacza "petal length"
data_iris_setosa['szer. płatka'] = data_iris['pw']  # "pw" oznacza "petal width"
data_iris_setosa['Iris setosa?'] = data_iris['Gatunek'].apply(lambda x: 1 if x=='Iris-setosa' else 0)

m, n_plus_1 = data_iris_setosa.values.shape
n = n_plus_1 - 1
Xn = data_iris_setosa.values[:, 0:n].reshape(m, n)

X = np.matrix(np.concatenate((np.ones((m, 1)), Xn), axis=1)).reshape(m, n_plus_1)
Y = np.matrix(data_iris_setosa.values[:, 2]).reshape(m, 1)

# Wykres danych (wersja macierzowa)
def plot_data_for_classification(X, Y, xlabel, ylabel):    
    fig = plt.figure(figsize=(16*.6, 9*.6))
    ax = fig.add_subplot(111)
    fig.subplots_adjust(left=0.1, right=0.9, bottom=0.1, top=0.9)
    X = X.tolist()
    Y = Y.tolist()
    X1n = [x[1] for x, y in zip(X, Y) if y[0] == 0]
    X1p = [x[1] for x, y in zip(X, Y) if y[0] == 1]
    X2n = [x[2] for x, y in zip(X, Y) if y[0] == 0]
    X2p = [x[2] for x, y in zip(X, Y) if y[0] == 1]
    ax.scatter(X1n, X2n, c='r', marker='x', s=50, label='Dane')
    ax.scatter(X1p, X2p, c='g', marker='o', s=50, label='Dane')
    
    ax.set_xlabel(xlabel)
    ax.set_ylabel(ylabel)
    ax.margins(.05, .05)
    return fig

def plot_new_example(fig, x, y):
    ax = fig.axes[0]
    ax.scatter([x], [y], c='k', marker='*', s=100, label='?')

fig = plot_data_for_classification(X, Y, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
plot_new_example(fig, 2.8, 0.9)

Wydaje się sensownym przyjąć, że punkt oznaczony gwiazdką powinien być czerwony, ponieważ sąsiednie punkty są czerwone. Najbliższe czerwone punkty są położone bliżej niż najbliższe zielone.

Algorytm oparty na tej intuicji nazywamy algorytmem $k$ najbliższych sąsiadów (_$k$ nearest neighbors, KNN).

Idea (KNN dla $k = 1$):
1. Dla nowego przykładu $x'$ znajdź najbliższy przykład $x$ ze zbioru uczącego.
2. Jego klasa $y$ to szukana klasa $y'$.

from scipy.spatial import Voronoi, voronoi_plot_2d

def plot_voronoi(fig, points):
    ax = fig.axes[0]
    vor = Voronoi(points)
    ax.scatter(vor.vertices[:, 0], vor.vertices[:, 1], s=1)
    
    for simplex in vor.ridge_vertices:
        simplex = np.asarray(simplex)
        if np.all(simplex >= 0):
            ax.plot(vor.vertices[simplex, 0], vor.vertices[simplex, 1],
                    color='orange', linewidth=1)
    
    xmin, ymin = points.min(axis=0).tolist()[0]
    xmax, ymax = points.max(axis=0).tolist()[0]
    pad = 0.1
    ax.set_xlim(xmin - pad, xmax + pad)
    ax.set_ylim(ymin - pad, ymax + pad)

fig = plot_data_for_classification(X, Y, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
plot_new_example(fig, 2.8, 0.9)
plot_voronoi(fig, X[:, 1:])

Podział płaszczyzny jak na powyższym wykresie nazywamy diagramem Woronoja (_Voronoi diagram).

Taki algorytm wyznacza dość efektowne granice klas, zwłaszcza jak na tak prosty algorytm.

Niestety jest bardzo podatny na obserwacje odstające:

X_outliers = np.vstack((X, np.matrix([[1.0, 3.9, 1.7]])))
Y_outliers = np.vstack((Y, np.matrix([[1]])))

fig = plot_data_for_classification(X_outliers, Y_outliers, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
plot_new_example(fig, 2.8, 0.9)
plot_voronoi(fig, X_outliers[:, 1:])

Pojedyncza obserwacja odstająca dramatycznie zmienia granice klas.

Aby temu zaradzić, użyjemy więcej niż jednego najbliższego sąsiada ($k > 1$).

Algorytm $k$ najbliższych sąsiadów dla problemu klasyfikacji

Dany jest zbiór uczący zawierajacy przykłady $(x_i, y_i)$, gdzie: $x_i$ – zestaw cech, $y_i$ – klasa.
Dany jest przykład testowy $x'$, dla którego chcemy określić klasę.
Oblicz odległość $d(x', x_i)$ dla każdego przykładu $x_i$ ze zbioru uczącego.
Wybierz $k$ przykładów $x_{i_1}, \ldots, x_{i_k}$, dla których wyliczona odległość jest najmniejsza.
Jako wynik $y'$ zwróć tę spośrod klas $y_{i_1}, \ldots, y_{i_k}$, która występuje najczęściej.

Algorytm $k$ najbliższych sąsiadów dla problemu klasyfikacji – przykład

# Odległość euklidesowa
def euclidean_distance(x1, x2):
    return np.linalg.norm(x1 - x2)

# Algorytm k najbliższych sąsiadów
def knn(X, Y, x_new, k, distance=euclidean_distance):
    data = np.concatenate((X, Y), axis=1)
    nearest = sorted(
        data, key=lambda xy:distance(xy[0, :-1], x_new))[:k]
    y_nearest = [xy[0, -1] for xy in nearest]
    return max(y_nearest, key=lambda y:y_nearest.count(y))

# Wykres klas dla KNN
def plot_knn(fig, X, Y, k, distance=euclidean_distance):
    ax = fig.axes[0]
    x1min, x2min = X.min(axis=0).tolist()[0]
    x1max, x2max = X.max(axis=0).tolist()[0]
    pad1 = (x1max - x1min) / 10
    pad2 = (x2max - x2min) / 10
    step1 = (x1max - x1min) / 50
    step2 = (x2max - x2min) / 50
    x1grid, x2grid = np.meshgrid(
        np.arange(x1min - pad1, x1max + pad1, step1),
        np.arange(x2min - pad2, x2max + pad2, step2))
    z = np.matrix([[knn(X, Y, [x1, x2], k, distance) 
                    for x1, x2 in zip(x1row, x2row)] 
                   for x1row, x2row in zip(x1grid, x2grid)])
    plt.contour(x1grid, x2grid, z, levels=[0.5]);

# Przygotowanie interaktywnego wykresu

slider_k = widgets.IntSlider(min=1, max=10, step=1, value=1, description=r'$k$', width=300)

def interactive_knn_1(k):
    fig = plot_data_for_classification(X_outliers, Y_outliers, xlabel=u'dł. płatka', ylabel=u'szer. płatka')
    plot_voronoi(fig, X_outliers[:, 1:])
    plot_knn(fig, X_outliers[:, 1:], Y_outliers, k)

widgets.interact_manual(interactive_knn_1, k=slider_k)

interactive(children=(IntSlider(value=1, description='$k$', max=10, min=1), Button(description='Run Interact',…

<function __main__.interactive_knn_1(k)>

# Wczytanie danych (inny przykład)

alldata = pandas.read_csv('classification.tsv', sep='\t')
data = np.matrix(alldata)

m, n_plus_1 = data.shape
n = n_plus_1 - 1
Xn = data[:, 1:].reshape(m, n)

X2 = np.matrix(np.concatenate((np.ones((m, 1)), Xn), axis=1)).reshape(m, n_plus_1)
Y2 = np.matrix(data[:, 0]).reshape(m, 1)

fig = plot_data_for_classification(X2, Y2, xlabel=r'$x_1$', ylabel=r'$x_2$')

# Przygotowanie interaktywnego wykresu

slider_k = widgets.IntSlider(min=1, max=10, step=1, value=1, description=r'$k$', width=300)

def interactive_knn_2(k):
    fig = plot_data_for_classification(X2, Y2, xlabel=r'$x_1$', ylabel=r'$x_2$')
    plot_voronoi(fig, X2[:, 1:])
    plot_knn(fig, X2[:, 1:], Y2, k)

widgets.interact_manual(interactive_knn_2, k=slider_k)

interactive(children=(IntSlider(value=1, description='$k$', max=10, min=1), Button(description='Run Interact',…

<function __main__.interactive_knn_2(k)>

Algorytm $k$ najbliższych sąsiadów dla problemu regresji

Dany jest zbiór uczący zawierajacy przykłady $(x_i, y_i)$, gdzie: $x_i$ – zestaw cech, $y_i$ – liczba rzeczywista.
Dany jest przykład testowy $x'$, dla którego chcemy określić klasę.
Oblicz odległość $d(x', x_i)$ dla każdego przykładu $x_i$ ze zbioru uczącego.
Wybierz $k$ przykładów $x_{i_1}, \ldots, x_{i_k}$, dla których wyliczona odległość jest najmniejsza.
Jako wynik $y'$ zwróć średnią liczb $y_{i_1}, \ldots, y_{i_k}$: $$ y' = \frac{1}{k} \sum_{j=1}^{k} y_{i_j} $$

Wybór $k$

Wartość $k$ ma duży wpływ na wynik działania algorytmu KNN:
- Jeżeli $k$ jest zbyt duże, wszystkie nowe przykłady są klasyfikowane jako klasa większościowa.
- Jeżeli $k$ jest zbyt małe, granice klas są niestabilne, a algorytm jest bardzo podatny na obserwacje odstające.
Aby dobrać optymalną wartość $k$, najlepiej użyć zbioru walidacyjnego.

Miary podobieństwa

Odległość euklidesowa

$$ d(x, x') = \sqrt{ \sum_{i=1}^n \left( x_i - x'_i \right) ^2 } $$

Dobry wybór w przypadku numerycznych cech.
Symetryczna, traktuje wszystkie wymiary jednakowo.
Wrażliwa na duże wahania jednej cechy.

Odległość Hamminga

$$ d(x, x') = \sum_{i=1}^n \mathbf{1}_{x_i \neq x'_i} $$

Dobry wybór w przypadku cech zero-jedynkowych.
Liczba cech, którymi różnią się dane przykłady.

Odległość Minkowskiego ($p$-norma)

$$ d(x, x') = \sqrt[p]{ \sum_{i=1}^n \left| x_i - x'_i \right| ^p } $$

Dla $p = 2$ jest to odległość euklidesowa.
Dla $p = 1$ jest to odległość taksówkowa.
Jeżeli $p \to \infty$, to $p$-norma zbliża się do logicznej alternatywy.
Jeżeli $p \to 0$, to $p$-norma zbliża się do logicznej koniunkcji.

KNN – praktyczne porady

Co zrobić z remisami?
- Można wybrać losową klasę.
- Można wybrać klasę o wyższym prawdopodobieństwie _a priori.
- Można wybrać klasę wskazaną przez algorytm 1NN.

KNN źle radzi sobie z brakującymi wartościami cech (nie można wówczas sensownie wyznaczyć odległości).

614 KiB Raw Blame History Unescape Escape