ium/IUM_09.Python_srodowiska.ipynb
2021-05-31 11:55:27 +02:00

75 KiB

Środowiska wirtualne

Python Virtual Env

Poniżej stworzymy środowisko w katalogu ./myenv:

$ python3 -m venv myenv

Teraz możemy je aktywować:

$ source ./myenv/bin/activate
(myenv) $ which python
/home/tomek/myenv/bin/python

I modyfikować instalując zależności:

(myenv) $ python3 -m pip install requests

Środowisko możemy deaktywować poprzez:

deactivate

Środowisko można udostępnić kopiując cały katalog ze środowiskiem

pipx

  • pipx: polecenie, które instaluje moduł Pythonowy w odrębnym środowisku wirtualnym venv
  • jednocześnie dodaje powiązane z nim polecenie ("Command line entry point") do zmiennej PATH
  • w ten sposób możemy zainstalować polecenie, które będzie globalnie dostępne a jednocześnie nie będzie "mieszało" w zależnościach modułów Pythonowych. Umożliwia to uniknięcie konfliktów między zależnościami i jednocześnie umożliwia dostęp do polecenia oferowanego przez moduł z poziomu systemu (bez ręcznej aktywacji środowiska)
  • więcej informacji: https://packaging.python.org/guides/installing-stand-alone-command-line-tools/
  • https://github.com/pypa/pipx

Conda

_Package, dependency and environment management for any language—Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN, and more.

Conda umożliwia zarządzanie:

  • środowiskami (jak venv)
  • paczkami i zależnościami (jak pip)

Dokumentacja: https://docs.conda.io/en/latest/

Różnice między Conda a venv źródło:

  • Dowolna wersja Python w Conda (inna niż systemowa)
  • Conda zarządza też zależnościami innymi niż Pythonowe
  • Paczki w PyPI (używane przez pip) pochodzą od ich autorów. Paczki w conda są  budowane przez conda albo społeczność conda-forge

Dystrybucje: Anaconda i MiniConda

Conda jest dostępna w dwóch dystrybcjach:

  • Miniconda:
    • wymaga 400 MB miejsca na dysku
    • zawiera jedynie podstawowe narzędzia:
      • conda
      • Python
      • pip, zlib
    • pozostałe narzędzia/biblioteki doinstalujemy w miarę potrzeb
  • Anaconda
    • wymaga conajmniej 3 GB miejsca na dysku
    • Zawiera narzędzi GUI Anaconda Navigator (można je doinstalować do Miniconda)
    • zawiera to co Miniconda +:
      • Ponad 1500 preinstalowanych pakietów, głównie "naukowych", m.in.: SciPy, NumPy, Jupyter, scikit-learn, Pandas

Dystrybucje

  • Wersje paczek/bibliotek zawartych w danej dystrybucji są przetestowane pod względem zgodności ze sobą
  • Możemy dokonać zaktualizacji wszystkich pakietów za pomocą polecenia: conda update conda
  • Conda zatroszczy się o to, by rozwiązać potencjalne konflikty wynikające z zależności deklarowanych przez poszczególne biblioteki.
  • Nie zawsze wszystkie biblioteki będą w swoich najnowszych wersjach - mogłoby to powodować problemy z działaniem bibliotek od nich zależnych
  • Podczas aktualizacji niektóre biblioteki mogą zostać "zdowngradowane"
$ conda update conda
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/tomek/miniconda3

  added / updated specs:
    - conda


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    attrs-21.2.0               |     pyhd3eb1b0_0          46 KB
    cffi-1.14.5                |   py39h261ae71_0         226 KB
    chardet-4.0.0              |py39h06a4308_1003         194 KB
    conda-package-handling-1.7.3|   py39h27cfd23_1         884 KB
    cryptography-3.4.7         |   py39hd23ed53_0         906 KB
    decorator-5.0.9            |     pyhd3eb1b0_0          12 KB
    glib-2.68.2                |       h36276a3_0         3.0 MB
    idna-2.10                  |     pyhd3eb1b0_0          52 KB
    jinja2-3.0.0               |     pyhd3eb1b0_0         106 KB
    markupsafe-2.0.1           |   py39h27cfd23_0          22 KB
    notebook-6.4.0             |   py39h06a4308_0         4.1 MB
    pygments-2.9.0             |     pyhd3eb1b0_0         721 KB
    pyopenssl-20.0.1           |     pyhd3eb1b0_1          49 KB
    requests-2.25.1            |     pyhd3eb1b0_0          52 KB
    ruamel_yaml-0.15.100       |   py39h27cfd23_0         260 KB
    tqdm-4.59.0                |     pyhd3eb1b0_1          93 KB
    urllib3-1.26.4             |     pyhd3eb1b0_0         105 KB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        10.7 MB

The following packages will be REMOVED:

  libedit-3.1.20191231-h14c3975_1
  pip-20.3.1-py39h06a4308_0
  wheel-0.36.1-pyhd3eb1b0_0

The following packages will be UPDATED:

  attrs                                 20.3.0-pyhd3eb1b0_0 --> 21.2.0-pyhd3eb1b0_0
  ca-certificates    conda-forge::ca-certificates-2020.12.~ --> pkgs/main::ca-certificates-2021.4.13-h06a4308_1
  cffi                                1.14.4-py39h261ae71_0 --> 1.14.5-py39h261ae71_0
  chardet                           3.0.4-py39h06a4308_1003 --> 4.0.0-py39h06a4308_1003
  conda              conda-forge::conda-4.10.1-py39hf3d152~ --> pkgs/main::conda-4.10.1-py39h06a4308_1
  conda-package-han~                   1.7.2-py39h27cfd23_1 --> 1.7.3-py39h27cfd23_1
  cryptography                         3.3.1-py39h3c74f83_0 --> 3.4.7-py39hd23ed53_0
  decorator                              5.0.6-pyhd3eb1b0_0 --> 5.0.9-pyhd3eb1b0_0
  glib                                    2.68.1-h36276a3_0 --> 2.68.2-h36276a3_0
  jinja2                                2.11.3-pyhd3eb1b0_0 --> 3.0.0-pyhd3eb1b0_0
  markupsafe                           1.1.1-py39h27cfd23_0 --> 2.0.1-py39h27cfd23_0
  notebook                             6.3.0-py39h06a4308_0 --> 6.4.0-py39h06a4308_0
  pygments                               2.8.1-pyhd3eb1b0_0 --> 2.9.0-pyhd3eb1b0_0
  pyopenssl                             20.0.0-pyhd3eb1b0_1 --> 20.0.1-pyhd3eb1b0_1
  readline                                   8.0-h7b6447c_0 --> 8.1-h27cfd23_0
  requests                              2.25.0-pyhd3eb1b0_0 --> 2.25.1-pyhd3eb1b0_0
  ruamel_yaml                        0.15.80-py39h27cfd23_0 --> 0.15.100-py39h27cfd23_0
  setuptools                          51.0.0-py39h06a4308_2 --> 52.0.0-py39h06a4308_0
  sqlite                                  3.33.0-h62c20be_0 --> 3.35.4-hdfb4753_0
  tqdm                                  4.54.1-pyhd3eb1b0_0 --> 4.59.0-pyhd3eb1b0_1
  tzdata                                   2020d-h14c3975_0 --> 2020f-h52ac0ba_0
  urllib3                                      1.25.11-py_0 --> 1.26.4-pyhd3eb1b0_0

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  certifi            conda-forge::certifi-2020.12.5-py39hf~ --> pkgs/main::certifi-2020.12.5-py39h06a4308_0

The following packages will be DOWNGRADED:

  idna                                            2.10-py_0 --> 2.10-pyhd3eb1b0_0


Proceed ([y]/n)? y

[...]

Instalacja

Instrukcje:

Pakiety Conda

Pakiet (Package) conda to archiwum o rozszerzeniu .tar.bz2 lub .condazawierające:

  • folder lib: biblioteki systemowe, moduły Python

  • folder bin: pliki wykonywalne i wszelkie inne pliki potrzebne to zainstalowania danej zależności

  • metadane w katalogu info/

    Pakiety można:

  • wyszukiwać: conda search pytorch

  • instalować: conda install pytorch

  • tworzyć: conda build hello_world

  • usuwać: conda remove pytorch

Repozytoria i kanały

  • Pakiety mogą być ściągane z różnych kanałów ("channels")
  • Kanały mogą być zdalne albo lokalne
  • Domyślny kanał to https://repo.anaconda.com/pkgs/ - zawiera ponad 7,5 tys pakietów, jest utrzymywany przez Anacondę.
  • Jeśli jakiejś paczki nie ma na oficjalnym kanale, bardzo możliwe, że znajdziemy ją na Conda-forge - kanale utrzymywanym przez społeczność
  • Wyszukiwanie i przeglądanie pakietów: conda i conda-forge

Na przykład, pakiet mlflow nie jest dostępny na oficjalnym kanale:

conda search mlflow
Loading channels: done
No match found for: mlflow. Search: *mlflow*

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - mlflow

Current channels:

  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch

To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to

    https://anaconda.org

and use the search bar at the top of the page.



Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Do poleceń search i install możemy dodać flagę channel co doda podany kanał do listy przeszukiwanych przez to polecenie kanałów:

conda search mlflow --channel conda-forge
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
mlflow                       0.9.0.1            py_0  conda-forge         
mlflow                         0.9.1            py_0  conda-forge         
mlflow                         1.0.0          py27_0  conda-forge         
mlflow                         1.0.0          py27_1  conda-forge         
mlflow                         1.0.0            py_2  conda-forge         
mlflow                         1.0.0            py_3  conda-forge         
mlflow                         1.1.0            py_0  conda-forge         
mlflow                         1.2.0            py_0  conda-forge         
mlflow                         1.2.0            py_1  conda-forge         
mlflow                         1.3.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.3.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.4.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.4.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.4.0          py38_0  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py36_1  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py37_1  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py38_0  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py38_1  conda-forge         
mlflow                         1.6.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.6.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.6.0          py38_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.0          py38_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.1  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.1  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.1  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.2  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.2  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.2  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                         1.8.0  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                         1.8.0  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                         1.8.0  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                         1.9.1  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                         1.9.1  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                         1.9.1  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                        1.10.0  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                        1.10.0  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                        1.10.0  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py36h9f0ad1d_1  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py37hc8dfbb8_1  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py38h32f6830_1  conda-forge         
mlflow                        1.12.0  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.0  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.0  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.1  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.1  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.1  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                          1.13  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                          1.13  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                          1.13  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py36h5fab9bb_2  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py36hd000896_2  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py37h89c1867_2  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py38h578d9bd_2  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py39hf3d152e_2  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py36h24e63a9_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py36h87b8279_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py36hd000896_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py37h02d9ccd_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py38he918c71_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py39ha39b057_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py39hf3d152e_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py36h24e63a9_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py36h87b8279_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py37h02d9ccd_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py38he918c71_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py39ha39b057_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py36h24e63a9_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py36h87b8279_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py37h02d9ccd_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py38he918c71_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py39ha39b057_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py36h24e63a9_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py36h87b8279_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py37h02d9ccd_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py38he918c71_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py39ha39b057_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py36h24e63a9_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py36h24e63a9_1  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py36h87b8279_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py36h87b8279_1  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py37h02d9ccd_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py37h02d9ccd_1  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py38he918c71_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py38he918c71_1  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py39ha39b057_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py39ha39b057_1  conda-forge         

Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Możemy dodać kanał conda-forge tak, żeby był używany automatycznie (bez podawania flagi channel):

conda config --add channels conda-forge
Warning: 'conda-forge' already in 'channels' list, moving to the top

Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Polecanie conda info pokaże nam m.in. używane domyślnie kanały. Możem dodawać i usuwać kanały oraz zmieniać ich kolejność (priorytet) edytując plik ~/.condarc

conda info
     active environment : base
    active env location : /home/tomek/miniconda3
            shell level : 1
       user config file : /home/tomek/.condarc
 populated config files : /home/tomek/.condarc
          conda version : 4.10.1
    conda-build version : not installed
         python version : 3.9.1.final.0
       virtual packages : __cuda=11.2=0
                          __linux=5.4.0=0
                          __glibc=2.31=0
                          __unix=0=0
                          __archspec=1=x86_64
       base environment : /home/tomek/miniconda3  (writable)
      conda av data dir : /home/tomek/miniconda3/etc/conda
  conda av metadata url : https://repo.anaconda.com/pkgs/main
           channel URLs : https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64
                          https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /home/tomek/miniconda3/pkgs
                          /home/tomek/.conda/pkgs
       envs directories : /home/tomek/miniconda3/envs
                          /home/tomek/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.10.1 requests/2.25.1 CPython/3.9.1 Linux/5.4.0-73-generic ubuntu/20.04.2 glibc/2.31
                UID:GID : 1000:1000
             netrc file : None
           offline mode : False


Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Jak widać, po dodaniu kanału conda-forge, pakiet mlflow zostaje znaleziony:

conda search mlflow
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
mlflow                       0.9.0.1            py_0  conda-forge         
mlflow                         0.9.1            py_0  conda-forge         
mlflow                         1.0.0          py27_0  conda-forge         
mlflow                         1.0.0          py27_1  conda-forge         
mlflow                         1.0.0            py_2  conda-forge         
mlflow                         1.0.0            py_3  conda-forge         
mlflow                         1.1.0            py_0  conda-forge         
mlflow                         1.2.0            py_0  conda-forge         
mlflow                         1.2.0            py_1  conda-forge         
mlflow                         1.3.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.3.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.4.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.4.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.4.0          py38_0  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py36_1  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py37_1  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py38_0  conda-forge         
mlflow                         1.5.0          py38_1  conda-forge         
mlflow                         1.6.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.6.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.6.0          py38_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.0          py36_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.0          py37_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.0          py38_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.1  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.1  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.1  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.2  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.2  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                         1.7.2  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                         1.8.0  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                         1.8.0  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                         1.8.0  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                         1.9.1  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                         1.9.1  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                         1.9.1  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                        1.10.0  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                        1.10.0  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                        1.10.0  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py36h9f0ad1d_0  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py36h9f0ad1d_1  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py37hc8dfbb8_0  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py37hc8dfbb8_1  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py38h32f6830_0  conda-forge         
mlflow                        1.11.0  py38h32f6830_1  conda-forge         
mlflow                        1.12.0  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.0  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.0  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.1  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.1  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                        1.12.1  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                          1.13  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                          1.13  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                          1.13  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py36h5fab9bb_2  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py36hd000896_2  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py37h89c1867_2  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py38h578d9bd_2  conda-forge         
mlflow                        1.13.1  py39hf3d152e_2  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py36h24e63a9_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py36h5fab9bb_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py36h87b8279_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py36hd000896_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py37h02d9ccd_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py37h89c1867_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py38h578d9bd_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py38he918c71_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py39ha39b057_1  conda-forge         
mlflow                        1.14.0  py39hf3d152e_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py36h24e63a9_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py36h87b8279_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py37h02d9ccd_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py38he918c71_0  conda-forge         
mlflow                        1.14.1  py39ha39b057_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py36h24e63a9_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py36h87b8279_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py37h02d9ccd_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py38he918c71_0  conda-forge         
mlflow                        1.15.0  py39ha39b057_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py36h24e63a9_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py36h87b8279_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py37h02d9ccd_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py38he918c71_0  conda-forge         
mlflow                        1.16.0  py39ha39b057_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py36h24e63a9_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py36h24e63a9_1  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py36h87b8279_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py36h87b8279_1  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py37h02d9ccd_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py37h02d9ccd_1  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py38he918c71_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py38he918c71_1  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py39ha39b057_0  conda-forge         
mlflow                        1.17.0  py39ha39b057_1  conda-forge         

Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Środowiska (Environments)

  • Podstawową funkcjonalnością, którą zapewnia conda są izolowane środowiska
  • Nie zapewniają one takiego stopnia izolacji co np. Docker, ale ma to swoje zalety
  • Środowisko to tak naprawdę katalog zawierający zbiór bibliotek, plików wykonywalnych i innych zależności
  • Środowiska mogą zawierać różne wersje zarówno modułów Python jak i bibliotek systemowych, plików wykonywalnych (w tym samego Pythona)
  • Domyślne środowisko nazywa się base. Nie powinniśmy go modyfikować a raczej tworzyć nowe środowisko dla każdego zastosowania

Wyświetlanie listy środowisk:

conda info --envs
# conda environments:
#
                         /home/tomek/anaconda3
base                  *  /home/tomek/miniconda3
mlflow-004410b12f95e2e00831a0ba11ee1bfdc29d6f9d     /home/tomek/miniconda3/envs/mlflow-004410b12f95e2e00831a0ba11ee1bfdc29d6f9d
mlflow-503f0c7520a32f054a9d168bd099584a9439de9d     /home/tomek/miniconda3/envs/mlflow-503f0c7520a32f054a9d168bd099584a9439de9d
mlflow-5987e03d4dbaa5faa1a697bb113be9b9bdc39b29     /home/tomek/miniconda3/envs/mlflow-5987e03d4dbaa5faa1a697bb113be9b9bdc39b29


Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Tworzenie środowiska

Środowisko można utworzyć i skonfigurować interaktywnie, lub z pliku *.yml

conda create --name hello_env -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/tomek/miniconda3/envs/hello_env



Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate hello_env
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate


Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Aktywacja środowiska

  • Żeby zmodyfikować środowisko albo zacząć z niego korzystać, musimy je aktywować.
  • Aktywacja środowiska polega tak naprawdę na zmianie zmiennych środowiskowych, które mówią programom gdzie szukać ładowanych przez nie bibliotek i plików wykonywalnych, takich jak PATH, PYTHON_PATH itp.
  • Po aktywowaniu środowiska w konsoli zobaczymy jego nazwę dopisaną na początku lini poleceń:
$ conda activate hello_env
(hello_env) tomek@tomek-asus:/home$ python3 --version
Python 3.8.5

Domyślnie wersja pythona będzie taka sama jak systemowa. Żeby deaktywować środowisko, używamy conda deactivate:

$ conda deactivate
python3 --version
Python 3.8.5

Modyfikowanie środowiska

Jeśli chcemy stworzyc środowisko z inną wersją niż systemowa:

conda create -y -n myenv python=3.9
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/tomek/miniconda3/envs/myenv

  added / updated specs:
    - python=3.9


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    _libgcc_mutex-0.1          |      conda_forge           3 KB  conda-forge
    _openmp_mutex-4.5          |            1_gnu          22 KB  conda-forge
    ld_impl_linux-64-2.35.1    |       hea4e1c9_2         618 KB  conda-forge
    libffi-3.3                 |       h58526e2_2          51 KB  conda-forge
    libgcc-ng-9.3.0            |      h2828fa1_19         7.8 MB  conda-forge
    libgomp-9.3.0              |      h2828fa1_19         376 KB  conda-forge
    libstdcxx-ng-9.3.0         |      h6de172a_19         4.0 MB  conda-forge
    ncurses-6.2                |       h58526e2_4         985 KB  conda-forge
    openssl-1.1.1k             |       h7f98852_0         2.1 MB  conda-forge
    pip-21.1.2                 |     pyhd8ed1ab_0         1.1 MB  conda-forge
    python-3.9.4               |hffdb5ce_0_cpython        27.4 MB  conda-forge
    readline-8.1               |       h46c0cb4_0         295 KB  conda-forge
    setuptools-49.6.0          |   py39hf3d152e_3         943 KB  conda-forge
    tk-8.6.10                  |       h21135ba_1         3.2 MB  conda-forge
    tzdata-2021a               |       he74cb21_0         121 KB  conda-forge
    wheel-0.36.2               |     pyhd3deb0d_0          31 KB  conda-forge
    xz-5.2.5                   |       h516909a_1         343 KB  conda-forge
    zlib-1.2.11                |    h516909a_1010         106 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        49.4 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _libgcc_mutex      conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
  _openmp_mutex      conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-1_gnu
  ca-certificates    conda-forge/linux-64::ca-certificates-2020.12.5-ha878542_0
  certifi            conda-forge/linux-64::certifi-2020.12.5-py39hf3d152e_1
  ld_impl_linux-64   conda-forge/linux-64::ld_impl_linux-64-2.35.1-hea4e1c9_2
  libffi             conda-forge/linux-64::libffi-3.3-h58526e2_2
  libgcc-ng          conda-forge/linux-64::libgcc-ng-9.3.0-h2828fa1_19
  libgomp            conda-forge/linux-64::libgomp-9.3.0-h2828fa1_19
  libstdcxx-ng       conda-forge/linux-64::libstdcxx-ng-9.3.0-h6de172a_19
  ncurses            conda-forge/linux-64::ncurses-6.2-h58526e2_4
  openssl            conda-forge/linux-64::openssl-1.1.1k-h7f98852_0
  pip                conda-forge/noarch::pip-21.1.2-pyhd8ed1ab_0
  python             conda-forge/linux-64::python-3.9.4-hffdb5ce_0_cpython
  python_abi         conda-forge/linux-64::python_abi-3.9-1_cp39
  readline           conda-forge/linux-64::readline-8.1-h46c0cb4_0
  setuptools         conda-forge/linux-64::setuptools-49.6.0-py39hf3d152e_3
  sqlite             conda-forge/linux-64::sqlite-3.35.5-h74cdb3f_0
  tk                 conda-forge/linux-64::tk-8.6.10-h21135ba_1
  tzdata             conda-forge/noarch::tzdata-2021a-he74cb21_0
  wheel              conda-forge/noarch::wheel-0.36.2-pyhd3deb0d_0
  xz                 conda-forge/linux-64::xz-5.2.5-h516909a_1
  zlib               conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1010



Downloading and Extracting Packages
openssl-1.1.1k       | 2.1 MB    | ##################################### | 100% 
_libgcc_mutex-0.1    | 3 KB      | ##################################### | 100% 
xz-5.2.5             | 343 KB    | ##################################### | 100% 
zlib-1.2.11          | 106 KB    | ##################################### | 100% 
tk-8.6.10            | 3.2 MB    | ##################################### | 100% 
python-3.9.4         | 27.4 MB   | ##################################### | 100% 
ncurses-6.2          | 985 KB    | ##################################### | 100% 
libstdcxx-ng-9.3.0   | 4.0 MB    | ##################################### | 100% 
tzdata-2021a         | 121 KB    | ##################################### | 100% 
setuptools-49.6.0    | 943 KB    | ##################################### | 100% 
wheel-0.36.2         | 31 KB     | ##################################### | 100% 
_openmp_mutex-4.5    | 22 KB     | ##################################### | 100% 
libffi-3.3           | 51 KB     | ##################################### | 100% 
libgomp-9.3.0        | 376 KB    | ##################################### | 100% 
ld_impl_linux-64-2.3 | 618 KB    | ##################################### | 100% 
readline-8.1         | 295 KB    | ##################################### | 100% 
pip-21.1.2           | 1.1 MB    | ##################################### | 100% 
libgcc-ng-9.3.0      | 7.8 MB    | ##################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate myenv
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate


Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Rzeczywiście, stworzone środowisko ma wersję Pythona z linii 3.9:

$ conda activate myenv
(myenv)$ python3 --version
Python 3.9.4

Tak samo, przy tworzeniu środowiska możemy podać inne zależności wraz z ich wersjami:

conda create -y -n p39-mlflow-pandas python=3.9 pandas=1.2.3 mlflow
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/tomek/miniconda3/envs/p39-mlflow-pandas

  added / updated specs:
    - mlflow
    - pandas=1.2.3
    - python=3.9


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    alembic-1.6.3              |     pyhd8ed1ab_0         114 KB  conda-forge
    appdirs-1.4.4              |     pyh9f0ad1d_0          13 KB  conda-forge
    asn1crypto-1.4.0           |     pyh9f0ad1d_0          78 KB  conda-forge
    brotlipy-0.7.0             |py39h3811e60_1001         341 KB  conda-forge
    cffi-1.14.5                |   py39he32792d_0         227 KB  conda-forge
    chardet-4.0.0              |   py39hf3d152e_1         205 KB  conda-forge
    click-8.0.1                |   py39hf3d152e_0         146 KB  conda-forge
    cloudpickle-1.6.0          |             py_0          22 KB  conda-forge
    configparser-5.0.2         |     pyhd8ed1ab_0          21 KB  conda-forge
    cryptography-3.4.7         |   py39hbca0aa6_0         1.1 MB  conda-forge
    databricks-cli-0.9.1       |             py_0          48 KB  conda-forge
    dataclasses-0.8            |     pyhc8e2a94_1           7 KB  conda-forge
    docker-py-5.0.0            |   py39hf3d152e_0         187 KB  conda-forge
    docker-pycreds-0.4.0       |             py_0          11 KB  conda-forge
    entrypoints-0.3            |  pyhd8ed1ab_1003           8 KB  conda-forge
    flask-2.0.1                |     pyhd8ed1ab_0          70 KB  conda-forge
    gitdb-4.0.7                |     pyhd8ed1ab_0          46 KB  conda-forge
    gitpython-3.1.17           |     pyhd8ed1ab_0         115 KB  conda-forge
    gorilla-0.4.0              |     pyhd8ed1ab_0          13 KB  conda-forge
    greenlet-1.1.0             |   py39he80948d_0          84 KB  conda-forge
    gunicorn-20.1.0            |   py39hf3d152e_0         119 KB  conda-forge
    idna-2.10                  |     pyh9f0ad1d_0          52 KB  conda-forge
    itsdangerous-2.0.1         |     pyhd8ed1ab_0          17 KB  conda-forge
    jinja2-3.0.1               |     pyhd8ed1ab_0          99 KB  conda-forge
    libblas-3.9.0              |       9_openblas          11 KB  conda-forge
    libcblas-3.9.0             |       9_openblas          11 KB  conda-forge
    libgfortran-ng-9.3.0       |      hff62375_19          22 KB  conda-forge
    libgfortran5-9.3.0         |      hff62375_19         2.0 MB  conda-forge
    liblapack-3.9.0            |       9_openblas          11 KB  conda-forge
    libopenblas-0.3.15         |pthreads_h8fe5266_1         9.2 MB  conda-forge
    libprotobuf-3.17.0         |       h780b84a_0         2.5 MB  conda-forge
    mako-1.1.4                 |     pyh44b312d_0          58 KB  conda-forge
    markupsafe-2.0.1           |   py39h3811e60_0          22 KB  conda-forge
    mlflow-1.2.0               |             py_1         3.4 MB  conda-forge
    numpy-1.20.3               |   py39hdbf815f_0         5.8 MB  conda-forge
    packaging-20.9             |     pyh44b312d_0          35 KB  conda-forge
    pandas-1.2.3               |   py39hde0f152_0        12.1 MB  conda-forge
    protobuf-3.17.0            |   py39he80948d_0         346 KB  conda-forge
    pycparser-2.20             |     pyh9f0ad1d_2          94 KB  conda-forge
    pyopenssl-20.0.1           |     pyhd8ed1ab_0          48 KB  conda-forge
    pyparsing-2.4.7            |     pyh9f0ad1d_0          60 KB  conda-forge
    pysocks-1.7.1              |   py39hf3d152e_3          28 KB  conda-forge
    python-dateutil-2.8.1      |             py_0         220 KB  conda-forge
    python-editor-1.0.4        |             py_0           9 KB  conda-forge
    pytz-2021.1                |     pyhd8ed1ab_0         239 KB  conda-forge
    pyyaml-5.4.1               |   py39h3811e60_0         193 KB  conda-forge
    querystring_parser-1.2.4   |             py_0          10 KB  conda-forge
    requests-2.25.1            |     pyhd3deb0d_0          51 KB  conda-forge
    simplejson-3.17.2          |   py39h3811e60_2         103 KB  conda-forge
    six-1.16.0                 |     pyh6c4a22f_0          14 KB  conda-forge
    smmap-3.0.5                |     pyh44b312d_0          22 KB  conda-forge
    sqlalchemy-1.4.15          |   py39h3811e60_0         2.3 MB  conda-forge
    sqlparse-0.4.1             |     pyh9f0ad1d_0          34 KB  conda-forge
    tabulate-0.8.9             |     pyhd8ed1ab_0          26 KB  conda-forge
    typing_extensions-3.7.4.3  |             py_0          25 KB  conda-forge
    urllib3-1.26.4             |     pyhd8ed1ab_0          99 KB  conda-forge
    websocket-client-0.57.0    |   py39hf3d152e_4          59 KB  conda-forge
    werkzeug-2.0.1             |     pyhd8ed1ab_0         219 KB  conda-forge
    yaml-0.2.5                 |       h516909a_0          82 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        42.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _libgcc_mutex      conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
  _openmp_mutex      conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-1_gnu
  alembic            conda-forge/noarch::alembic-1.6.3-pyhd8ed1ab_0
  appdirs            conda-forge/noarch::appdirs-1.4.4-pyh9f0ad1d_0
  asn1crypto         conda-forge/noarch::asn1crypto-1.4.0-pyh9f0ad1d_0
  brotlipy           conda-forge/linux-64::brotlipy-0.7.0-py39h3811e60_1001
  ca-certificates    conda-forge/linux-64::ca-certificates-2020.12.5-ha878542_0
  certifi            conda-forge/linux-64::certifi-2020.12.5-py39hf3d152e_1
  cffi               conda-forge/linux-64::cffi-1.14.5-py39he32792d_0
  chardet            conda-forge/linux-64::chardet-4.0.0-py39hf3d152e_1
  click              conda-forge/linux-64::click-8.0.1-py39hf3d152e_0
  cloudpickle        conda-forge/noarch::cloudpickle-1.6.0-py_0
  configparser       conda-forge/noarch::configparser-5.0.2-pyhd8ed1ab_0
  cryptography       conda-forge/linux-64::cryptography-3.4.7-py39hbca0aa6_0
  databricks-cli     conda-forge/noarch::databricks-cli-0.9.1-py_0
  dataclasses        conda-forge/noarch::dataclasses-0.8-pyhc8e2a94_1
  docker-py          conda-forge/linux-64::docker-py-5.0.0-py39hf3d152e_0
  docker-pycreds     conda-forge/noarch::docker-pycreds-0.4.0-py_0
  entrypoints        conda-forge/noarch::entrypoints-0.3-pyhd8ed1ab_1003
  flask              conda-forge/noarch::flask-2.0.1-pyhd8ed1ab_0
  gitdb              conda-forge/noarch::gitdb-4.0.7-pyhd8ed1ab_0
  gitpython          conda-forge/noarch::gitpython-3.1.17-pyhd8ed1ab_0
  gorilla            conda-forge/noarch::gorilla-0.4.0-pyhd8ed1ab_0
  greenlet           conda-forge/linux-64::greenlet-1.1.0-py39he80948d_0
  gunicorn           conda-forge/linux-64::gunicorn-20.1.0-py39hf3d152e_0
  idna               conda-forge/noarch::idna-2.10-pyh9f0ad1d_0
  itsdangerous       conda-forge/noarch::itsdangerous-2.0.1-pyhd8ed1ab_0
  jinja2             conda-forge/noarch::jinja2-3.0.1-pyhd8ed1ab_0
  ld_impl_linux-64   conda-forge/linux-64::ld_impl_linux-64-2.35.1-hea4e1c9_2
  libblas            conda-forge/linux-64::libblas-3.9.0-9_openblas
  libcblas           conda-forge/linux-64::libcblas-3.9.0-9_openblas
  libffi             conda-forge/linux-64::libffi-3.3-h58526e2_2
  libgcc-ng          conda-forge/linux-64::libgcc-ng-9.3.0-h2828fa1_19
  libgfortran-ng     conda-forge/linux-64::libgfortran-ng-9.3.0-hff62375_19
  libgfortran5       conda-forge/linux-64::libgfortran5-9.3.0-hff62375_19
  libgomp            conda-forge/linux-64::libgomp-9.3.0-h2828fa1_19
  liblapack          conda-forge/linux-64::liblapack-3.9.0-9_openblas
  libopenblas        conda-forge/linux-64::libopenblas-0.3.15-pthreads_h8fe5266_1
  libprotobuf        conda-forge/linux-64::libprotobuf-3.17.0-h780b84a_0
  libstdcxx-ng       conda-forge/linux-64::libstdcxx-ng-9.3.0-h6de172a_19
  mako               conda-forge/noarch::mako-1.1.4-pyh44b312d_0
  markupsafe         conda-forge/linux-64::markupsafe-2.0.1-py39h3811e60_0
  mlflow             conda-forge/noarch::mlflow-1.2.0-py_1
  ncurses            conda-forge/linux-64::ncurses-6.2-h58526e2_4
  numpy              conda-forge/linux-64::numpy-1.20.3-py39hdbf815f_0
  openssl            conda-forge/linux-64::openssl-1.1.1k-h7f98852_0
  packaging          conda-forge/noarch::packaging-20.9-pyh44b312d_0
  pandas             conda-forge/linux-64::pandas-1.2.3-py39hde0f152_0
  pip                conda-forge/noarch::pip-21.1.2-pyhd8ed1ab_0
  protobuf           conda-forge/linux-64::protobuf-3.17.0-py39he80948d_0
  pycparser          conda-forge/noarch::pycparser-2.20-pyh9f0ad1d_2
  pyopenssl          conda-forge/noarch::pyopenssl-20.0.1-pyhd8ed1ab_0
  pyparsing          conda-forge/noarch::pyparsing-2.4.7-pyh9f0ad1d_0
  pysocks            conda-forge/linux-64::pysocks-1.7.1-py39hf3d152e_3
  python             conda-forge/linux-64::python-3.9.4-hffdb5ce_0_cpython
  python-dateutil    conda-forge/noarch::python-dateutil-2.8.1-py_0
  python-editor      conda-forge/noarch::python-editor-1.0.4-py_0
  python_abi         conda-forge/linux-64::python_abi-3.9-1_cp39
  pytz               conda-forge/noarch::pytz-2021.1-pyhd8ed1ab_0
  pyyaml             conda-forge/linux-64::pyyaml-5.4.1-py39h3811e60_0
  querystring_parser conda-forge/noarch::querystring_parser-1.2.4-py_0
  readline           conda-forge/linux-64::readline-8.1-h46c0cb4_0
  requests           conda-forge/noarch::requests-2.25.1-pyhd3deb0d_0
  setuptools         conda-forge/linux-64::setuptools-49.6.0-py39hf3d152e_3
  simplejson         conda-forge/linux-64::simplejson-3.17.2-py39h3811e60_2
  six                conda-forge/noarch::six-1.16.0-pyh6c4a22f_0
  smmap              conda-forge/noarch::smmap-3.0.5-pyh44b312d_0
  sqlalchemy         conda-forge/linux-64::sqlalchemy-1.4.15-py39h3811e60_0
  sqlite             conda-forge/linux-64::sqlite-3.35.5-h74cdb3f_0
  sqlparse           conda-forge/noarch::sqlparse-0.4.1-pyh9f0ad1d_0
  tabulate           conda-forge/noarch::tabulate-0.8.9-pyhd8ed1ab_0
  tk                 conda-forge/linux-64::tk-8.6.10-h21135ba_1
  typing_extensions  conda-forge/noarch::typing_extensions-3.7.4.3-py_0
  tzdata             conda-forge/noarch::tzdata-2021a-he74cb21_0
  urllib3            conda-forge/noarch::urllib3-1.26.4-pyhd8ed1ab_0
  websocket-client   conda-forge/linux-64::websocket-client-0.57.0-py39hf3d152e_4
  werkzeug           conda-forge/noarch::werkzeug-2.0.1-pyhd8ed1ab_0
  wheel              conda-forge/noarch::wheel-0.36.2-pyhd3deb0d_0
  xz                 conda-forge/linux-64::xz-5.2.5-h516909a_1
  yaml               conda-forge/linux-64::yaml-0.2.5-h516909a_0
  zlib               conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1010



Downloading and Extracting Packages
smmap-3.0.5          | 22 KB     | ##################################### | 100% 
sqlalchemy-1.4.15    | 2.3 MB    | ##################################### | 100% 
appdirs-1.4.4        | 13 KB     | ##################################### | 100% 
gunicorn-20.1.0      | 119 KB    | ##################################### | 100% 
pyopenssl-20.0.1     | 48 KB     | ##################################### | 100% 
mako-1.1.4           | 58 KB     | ##################################### | 100% 
libopenblas-0.3.15   | 9.2 MB    | ##################################### | 100% 
libcblas-3.9.0       | 11 KB     | ##################################### | 100% 
gitdb-4.0.7          | 46 KB     | ##################################### | 100% 
click-8.0.1          | 146 KB    | ##################################### | 100% 
gorilla-0.4.0        | 13 KB     | ##################################### | 100% 
gitpython-3.1.17     | 115 KB    | ##################################### | 100% 
typing_extensions-3. | 25 KB     | ##################################### | 100% 
pysocks-1.7.1        | 28 KB     | ##################################### | 100% 
pandas-1.2.3         | 12.1 MB   | ##################################### | 100% 
libgfortran-ng-9.3.0 | 22 KB     | ##################################### | 100% 
docker-pycreds-0.4.0 | 11 KB     | ##################################### | 100% 
docker-py-5.0.0      | 187 KB    | ##################################### | 100% 
itsdangerous-2.0.1   | 17 KB     | ##################################### | 100% 
configparser-5.0.2   | 21 KB     | ##################################### | 100% 
sqlparse-0.4.1       | 34 KB     | ##################################### | 100% 
werkzeug-2.0.1       | 219 KB    | ##################################### | 100% 
alembic-1.6.3        | 114 KB    | ##################################### | 100% 
tabulate-0.8.9       | 26 KB     | ##################################### | 100% 
cloudpickle-1.6.0    | 22 KB     | ##################################### | 100% 
asn1crypto-1.4.0     | 78 KB     | ##################################### | 100% 
brotlipy-0.7.0       | 341 KB    | ##################################### | 100% 
dataclasses-0.8      | 7 KB      | ##################################### | 100% 
cryptography-3.4.7   | 1.1 MB    | ##################################### | 100% 
pycparser-2.20       | 94 KB     | ##################################### | 100% 
libprotobuf-3.17.0   | 2.5 MB    | ##################################### | 100% 
simplejson-3.17.2    | 103 KB    | ##################################### | 100% 
requests-2.25.1      | 51 KB     | ##################################### | 100% 
pytz-2021.1          | 239 KB    | ##################################### | 100% 
flask-2.0.1          | 70 KB     | ##################################### | 100% 
numpy-1.20.3         | 5.8 MB    | ##################################### | 100% 
markupsafe-2.0.1     | 22 KB     | ##################################### | 100% 
idna-2.10            | 52 KB     | ##################################### | 100% 
six-1.16.0           | 14 KB     | ##################################### | 100% 
libgfortran5-9.3.0   | 2.0 MB    | ##################################### | 100% 
liblapack-3.9.0      | 11 KB     | ##################################### | 100% 
pyparsing-2.4.7      | 60 KB     | ##################################### | 100% 
packaging-20.9       | 35 KB     | ##################################### | 100% 
jinja2-3.0.1         | 99 KB     | ##################################### | 100% 
chardet-4.0.0        | 205 KB    | ##################################### | 100% 
protobuf-3.17.0      | 346 KB    | ##################################### | 100% 
urllib3-1.26.4       | 99 KB     | ##################################### | 100% 
pyyaml-5.4.1         | 193 KB    | ##################################### | 100% 
databricks-cli-0.9.1 | 48 KB     | ##################################### | 100% 
websocket-client-0.5 | 59 KB     | ##################################### | 100% 
python-dateutil-2.8. | 220 KB    | ##################################### | 100% 
greenlet-1.1.0       | 84 KB     | ##################################### | 100% 
entrypoints-0.3      | 8 KB      | ##################################### | 100% 
yaml-0.2.5           | 82 KB     | ##################################### | 100% 
libblas-3.9.0        | 11 KB     | ##################################### | 100% 
mlflow-1.2.0         | 3.4 MB    | ##################################### | 100% 
cffi-1.14.5          | 227 KB    | ##################################### | 100% 
python-editor-1.0.4  | 9 KB      | ##################################### | 100% 
querystring_parser-1 | 10 KB     | ##################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate p39-mlflow-pandas
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate


Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Możemy podać jakie pakiety i w jakich wersjach mają być domyślnie dodawane do nowo tworzonych środowisk za pomocą sekcji create_default_package w pliku ~/.condarc

create_default_packages:
  - python=3.9
  - pandas=1.2.3
  - mlflow

Doinstalowanie nowych pakietów może odbyć się poprzez:

  • conda install mlflow - wywołane w aktywowanym środowisku
  • conda install -n myenv mlflow - wywołane spoza atkywanego środowiska (instaluje mlflow w środowisku myenv)
  • pip install - jeśli w środowisku mamy zainstalowane polecenie pip - używamy pip tylko, jeśli pakiet nie jest dostępny w repozytoriach conda. Uwagi dotyczące używania pip razem z Conda: link

Klonowanie środowiska

Istniejące środowisko można skopiować:

conda create --name myclone --clone myenv

Eksportowanie środowisk

  • Definicję środowiska można wyeksportować do pliku *.yml, który może potem posłużyć do jego odtworzenia
  • Takie pliki są np. wykorzystywane przez MLflow
conda env export -n myenv
name: myenv
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - _libgcc_mutex=0.1=conda_forge
  - _openmp_mutex=4.5=1_gnu
  - ca-certificates=2020.12.5=ha878542_0
  - certifi=2020.12.5=py39hf3d152e_1
  - ld_impl_linux-64=2.35.1=hea4e1c9_2
  - libffi=3.3=h58526e2_2
  - libgcc-ng=9.3.0=h2828fa1_19
  - libgomp=9.3.0=h2828fa1_19
  - libstdcxx-ng=9.3.0=h6de172a_19
  - ncurses=6.2=h58526e2_4
  - openssl=1.1.1k=h7f98852_0
  - pip=21.1.2=pyhd8ed1ab_0
  - python=3.9.4=hffdb5ce_0_cpython
  - python_abi=3.9=1_cp39
  - readline=8.1=h46c0cb4_0
  - setuptools=49.6.0=py39hf3d152e_3
  - sqlite=3.35.5=h74cdb3f_0
  - tk=8.6.10=h21135ba_1
  - tzdata=2021a=he74cb21_0
  - wheel=0.36.2=pyhd3deb0d_0
  - xz=5.2.5=h516909a_1
  - zlib=1.2.11=h516909a_1010
prefix: /home/tomek/miniconda3/envs/myenv

Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Normalnie, zapisalibyśmy wyni eksportu do pliku:

conda env export -n myenv > myenv.yml
Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Eksport między systemami

  • Jeśli chcemy zapeniwć, że nasze środowisko będzie można odtworzyć na innym systemie, musimy uyżyć flagi --from-history
  • Użycie tej flagi spowoduje eksport jedynie tych zależności, które explicite instalowaliśmy (bez ich zależności, które mogą być niekompatybilne między systemami)
conda env export --from-history #Jeśli nie podamy nazwy środowiska, eksportujemy aktywne środowisko
name: base
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - conda
  - python=3.9
  - jupyter
  - rise
  - anaconda-navigator
prefix: /home/tomek/miniconda3

Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Tworzenie środowiska z pliku *.yml

Mając plik *.yml wyeksportowany za pomocą conda env export albo stworzony/zmodyfikowane ręcznie, możemy utworzyć na jego podstawie środowisko:

conda env create -n myenv_from_file -f myenv.yml
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate myenv_from_file
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate


Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

Zadania [10pkt]

  1. Zainstaluj Anaconda lub Miniconda na swoim komputerze
  2. Stwórz środowisko zawierające wszystkie zależności wymagane przez stworzone na zajęciach skrypty/programy
  3. Wyeksportuj środowisko do pliku environment.yml i dodaj ten plik do repozytorium